Pri uskladištenju plodova jabuka često se uočavaju veliki gubici kao posledica napada parazitarnih oboljenja plodova. Najopasnije parazitarno oboljenje jabuke u skladištu je gorka trulež (Gloeosporium sp.). Pored nje, javljaju se i oboljenja izazvana gljivicama Monilia sp., Botrytis sp., Penicillium sp., Fusarium sp., Phytophthora sp. i dr.
Gorka trulež (Gloeosporium sp.). Simptomi ovog oboljenja javljaju se posle nekoliko meseci lagerovanja, na pokožici ploda u vidu jedne ili više svetlih do tamnomrkih okruglih i mekih pega, u čijoj sredini se obično nalazi lenticela. Izazivači ove truleži su gljivice Gloeosporium album Osterw. i G. fructigenum Berk, među ostalim. Infekcija plodova ovim gljivicama dešava se još na stablu tokom vegetacije. Gljiva se razvija tokom čuvanja, kada plodovi dozrevaju ili nakon izlaganja visokoj temperaturi nakon skladištenja.
Trulež semene kućice (Mouldy core). Plodovi jabuke oboleli od ove bolesti spolja izgledaju zdravo. Sečenjem plodova može se primetiti na obolelim mestima u predelu semene kućice zelenožuta ili crvenomrka boja. Kod osetljivih sorti, ova boja (trulež) širi se i u parenhim još na stablu. Plodovi osetljivih sorti oboleli od ovog oboljenja sazrevaju i za 10-14 dana ranije. U komorama hladnjača, ovo oboljenje se pri visokoj vlažnosti brzo širi. Suzbijanje ovog oboljenja se za sada još ne sprovodi.
U praksi se u početnoj fazi pojave ove truleži, kada još nije prešla u parenhim, plodovi beru probirno i prodaju za brzu potrošnju.